[答案]
（1）预期蛋白质的功能 蛋白质的三维结构 应有的氨基酸序列 相应的脱氧核苷酸序列（基因）
（2）自然界已存在 人类生产和生活 基因修饰 基因合成
（3）空间（或高级）
[解析]
解：（1）由蛋白质工程的基本途径可知图中的A为预期蛋白质的功能；B为设计蛋白质的三维结构；C为推测应有的氨基酸序列，D找到相应的脱氧核苷酸序列。
（2）基因工程和蛋白质工程相比较，基因工程在原则上只能生产自然界中存在的蛋白质，且不一定符合人类生产生活 需要。而蛋白质工程是以蛋白质分子的结构规律及其与生物功能的关系作为基础，通过基因的修饰或基因合成，对现有蛋白质进行改造，或制造一种新的蛋白质，以满足人类的生产和生活需要。
（3）蛋白质工程实施的难度很大，原因是蛋白质具有十分复杂的空间结构，而且蛋白质的功能也具有多样性。
故答案为：
（1）预期蛋白质的功能 蛋白质的三维结构 应有的氨基酸序列 相应的脱氧核苷酸序列（基因）
（2）自然界已存在 人类生产和生活 基因修饰 基因合成
（3）空间（或高级）
[点评]
本题考查了"蛋白质工程基本原理，"，属于"常考题"，熟悉题型是解题的关键。
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