[解析]
宾语从句要用陈述语序,即主语在前,谓语动词在后。A 项 "where is the bookstore" 是疑问语序,排除;C 项 "what time does the bookstore open" 是疑问语序,排除。根据答语 "It's on the second floor."(它在二楼。) 可知,问句是询问地点,应用 "where" 引导宾语从句。D 项 "what time the bookstore opens" 是询问书店开门的时间,不符合语境,排除。B 项 "where the bookstore is" 是陈述语序,且询问书店的位置,符合语境。
故选:B。